1934年，王柏棟任紅二十六軍四十二師直屬炮連連長(zhǎng)，經(jīng)中共陜西省委同意到漢中找陜南特委汪鋒、張德生匯報(bào)工作，10月回到商洛鎮(zhèn)顯神廟，回想自己和同志們?cè)陉兏蔬叺脑⊙獖^斗過(guò)程，百感交集。10月29日，他在自家墻壁上用毛筆寫(xiě)下“為了人類(lèi)未來(lái)的光榮，終要渡此血的慘辜生涯”的誓言以自勉。同年11月，紅二十五軍一個(gè)小分隊(duì)在中共商洛特委成員、少年宣傳隊(duì)隊(duì)長(zhǎng)程啟文領(lǐng)導(dǎo)下，在丹鳳縣孫家山一帶組建蘇維埃政權(quán)，受到敵人“圍剿”。他得知后，立即向幼年學(xué)友、商洛鎮(zhèn)民團(tuán)團(tuán)總張虎森開(kāi)展統(tǒng)戰(zhàn)工作，勸他在民族危亡時(shí)候要團(tuán)結(jié)對(duì)外。
1935年春，程啟文、張虎森及其一位姓吳的秘書(shū)相聚在柏棟家中商議，達(dá)成了互不侵犯協(xié)議。之后，張虎森還給紅二十五軍小分隊(duì)訂了幾份報(bào)紙，經(jīng)常派老百姓送來(lái)。國(guó)民黨軍隊(duì)一有行動(dòng)，他就派人來(lái)秘密通報(bào)。3月，商縣、洛南、商南三個(gè)縣的偽保安團(tuán)和陜軍兩個(gè)營(yíng)來(lái)圍剿孫家山，張虎森派心腹送來(lái)密信。王柏棟冒雪徒步80余里，來(lái)到孫家山和紅二十五軍小分隊(duì)隊(duì)長(zhǎng)程啟文取得聯(lián)系，使紅軍安全轉(zhuǎn)移。之后，他又回到甘肅慶陽(yáng)以北150里華池縣南果中華蘇維埃陜甘邊區(qū)政府，主席習(xí)仲勛、秘書(shū)長(zhǎng)張文華、軍事委員會(huì)主席劉志丹，張文華后來(lái)回憶說(shuō)“我在慶陽(yáng)南果第三次見(jiàn)到王柏棟，他這次是由家里來(lái)的，他還帶來(lái)了紅二十五軍關(guān)于怎樣分地的文件，還帶來(lái)有紅二十五軍自編的歌曲。如：莫打鼓來(lái)莫敲鑼?zhuān)?tīng)我唱個(gè)兵變歌，地主要苛官要捐，逼不過(guò)才進(jìn)了營(yíng)盤(pán)，出得門(mén)來(lái)去當(dāng)兵，只望當(dāng)兵有出息……”
9月初，紅二十五軍到達(dá)陜北，在所謂的“肅反”中，王柏棟同紅二十六軍大部干部被錯(cuò)誤關(guān)押在“瓦窯堡監(jiān)獄”。他在獄中渡過(guò)了一個(gè)多月。10月，中央紅軍到達(dá)陜北吳旗
鎮(zhèn)，毛主席派周恩來(lái)親自去接管了“瓦窯堡監(jiān)獄”，很快處理了這一大錯(cuò)案，全部釋放了在押人員。在延安以北的一個(gè)大村莊，王柏棟巧遇他在家鄉(xiāng)救助過(guò)的紅二十五軍小分隊(duì)長(zhǎng)程啟文。他一把攔住剛剛勝利到達(dá)陜北的程啟文，高興地說(shuō)：“小程同志，你們終于來(lái)到陜北，我們又匯合了！這一回可不象在我家鄉(xiāng)秘密接待你，我們要好好犒勞犒勞紅軍同志。”
1936年，在“一二、九”運(yùn)動(dòng)影響下，西安各界學(xué)生救國(guó)會(huì)和西安學(xué)生救國(guó)聯(lián)合會(huì)相繼成立。4月9日，周恩來(lái)在延安橋兒溝與東北軍將領(lǐng)張學(xué)良就聯(lián)合抗日問(wèn)題進(jìn)行談判。紅軍為了保持抗日實(shí)力和表示抗日誠(chéng)意發(fā)表“停戰(zhàn)協(xié)議和一致抗日”通電。紅軍西征，張毅忱回憶“柏棟又從紅一方面軍總政治部地方科科長(zhǎng)調(diào)任紅十五軍總政治部地方科，后又到敵工部任科長(zhǎng)，先后到保安（今志丹縣）靖邊定邊、寧夏的鹽池、玉王縣和陜甘等地做爭(zhēng)取群眾工作，工作積極主動(dòng)，能及時(shí)完成上級(jí)分配任務(wù)，一般同志完不成的任務(wù)他能完成，很會(huì)做群眾工作，大家對(duì)他影響很好”。這年8月，中共陜甘寧省委書(shū)記李富春組織成立預(yù)?？h回民自治代表大會(huì)籌備會(huì)，成立有李富春、王首遞、程子華、唐天際、黃鎮(zhèn)、王柏棟、楊奇清、馬青年，用投豆子的方式民主選舉了我黨領(lǐng)導(dǎo)的民族自治政府，開(kāi)創(chuàng)了我黨民族自治的先河，還組建了一支“抗日救國(guó)江湖游擊隊(duì)”。馬青年任隊(duì)長(zhǎng)，政委是紅十五軍團(tuán)地方工作部部長(zhǎng)王柏棟。江湖游擊隊(duì)的隊(duì)員一部分是當(dāng)?shù)刎毧嗟幕貪h群眾，一部分是哥老會(huì)，協(xié)助紅軍擾亂和牽制敵人。“雙十二”事變以后，部隊(duì)奉命南下，從寧夏玉王縣出發(fā)經(jīng)甘肅慶陽(yáng)進(jìn)入陜西永青，通過(guò)藍(lán)天到達(dá)商縣，住在商縣城內(nèi)學(xué)校。因王柏棟是當(dāng)?shù)厝?，他就搞地方工作。部?duì)在商縣住了兩個(gè)月。期間，他發(fā)動(dòng)群眾，組織籌糧籌款，發(fā)展組織。
1937年1月，中共中央中華蘇維埃政府發(fā)表《為號(hào)召和平停止內(nèi)戰(zhàn)通電》，陜西學(xué)生抗日救助運(yùn)動(dòng)高漲，在西安高中召開(kāi)陜西學(xué)聯(lián)大會(huì)，成立陜西省學(xué)生救國(guó)聯(lián)合會(huì)，李連壁任學(xué)聯(lián)主席。為加強(qiáng)對(duì)學(xué)聯(lián)工作的領(lǐng)導(dǎo)，成立了中共陜西省委學(xué)生工作委員會(huì)，黃學(xué)源任省委學(xué)委書(shū)記。“七七”事變爆發(fā)，8日，中共中央發(fā)表《中國(guó)共產(chǎn)黨為日軍進(jìn)攻蘆溝橋通電》，號(hào)召全國(guó)人民與軍隊(duì)團(tuán)結(jié)起來(lái)，筑成民族統(tǒng)一戰(zhàn)線的堅(jiān)固長(zhǎng)城，抵抗日本帝國(guó)主義的侵略。同年8月，王柏棟任紅十五軍團(tuán)募補(bǔ)處負(fù)責(zé)人。這時(shí)，中國(guó)工農(nóng)紅軍改編為國(guó)民革命軍第八路軍，開(kāi)赴抗日前線，遂在涇陽(yáng)縣云陽(yáng)鎮(zhèn)建立了八路軍一一五師留守處，王柏棟任地方科科長(zhǎng)。后又根據(jù)工作需要，中共陜西省委派他任中共商洛工委書(shū)記。同年11月，他返回家鄉(xiāng)商洛鎮(zhèn)，就把他家作為中共商洛工委工作辦公的地方。12月下旬，他參加了陜西省委在云陽(yáng)鎮(zhèn)召開(kāi)的傳達(dá)中央政治局關(guān)于洛川會(huì)議精神的擴(kuò)大會(huì)議。會(huì)后，王柏棟根據(jù)家鄉(xiāng)群眾受紅軍影響易發(fā)動(dòng)的優(yōu)點(diǎn)，以他母校兩嶺朝陽(yáng)樂(lè)育小學(xué)為中心，廣交進(jìn)步師生，并向師生教唱抗日救亡歌曲，開(kāi)展抗日救亡宣傳，從中發(fā)現(xiàn)并培養(yǎng)積極分子。同時(shí)，他又把發(fā)動(dòng)范圍擴(kuò)大到龍駒寨小學(xué)、商縣中學(xué)、商洛鎮(zhèn)農(nóng)村和民團(tuán)中，先后建立了中華民族解放先鋒隊(duì)、抗日促進(jìn)會(huì)、國(guó)難研究會(huì)、婦女救國(guó)會(huì)和抗敵后援會(huì)等抗日救亡組織。在此基礎(chǔ)上，他積極發(fā)展了王連成、劉丹東、米信公、王士哲、鞏德芳、鞏德勝、王柏梁、王柏東（柏棟兩個(gè)弟弟）、薛興軍、彭一民、陳壽益、陳效真、雷振杰、劉煥搖、李長(zhǎng)華等一批20多名共產(chǎn)黨員，建立了商洛鎮(zhèn)、兩嶺村、商縣中學(xué)3個(gè)黨支部和龍駒寨黨小組，并分批把黨員、民先隊(duì)員送到中共黨校、抗日軍政大學(xué)及安吳堡青訓(xùn)班學(xué)習(xí)。同時(shí)，他還廣泛結(jié)識(shí)王估卿、王建三、張德祥、劉筱齋、劉松林等開(kāi)明人士，并對(duì)一些地方民團(tuán)頭目宣傳我黨的抗日主張，很快結(jié)成當(dāng)?shù)乜谷彰褡褰y(tǒng)一戰(zhàn)線。